毒的开放阅读框1ab（orf1ab）、核衣壳蛋白（n蛋白）编码区域等处也存在大量突变。毫不夸张地说，omicron变异株是目前为止“突变分布最为分散”的新冠病毒变异株。
根据现有数据，omicron可以说是新冠病毒变异株的“突变大杂烩”，仅从刺突蛋白区域来看，在alpha株出现的p681h，beta株中出现的k417n、n501y、d614g，gamma株中出现的h655y，delta株中出现的t478k突变，均存在于omicron株中。由于刺突蛋白介导新冠病毒侵入人体细胞的过程，因此这些突变会增强病毒的传染力（如p681h）、使病毒逃避免疫系统监视（如t478k），更有可能让病毒抵抗中和抗体的作用（如h655y）。更有资料表明，omicron中存在的p323l突变（位于nsp12基因上，参与编码病毒的rna聚合酶）可降低病毒基因复制的保真性，增强病毒在“选择压力”下获得其他突变的能力，使病毒出现“边传播、边突变”的现象。
更让人担忧的是，omicron的分散性突变特征可能使其出现前所未有的免疫逃避能力。
众所周知，目前用于治疗新冠病毒感染的恢复期血浆，以及接种疫苗后所产生的天然抗体，均是通过阻碍新冠病毒的刺突蛋白与人体细胞中的ace2受体结合而起效的。而病毒的刺突蛋白突变位点越多，蛋白的空间构象就会变得越复杂，可供抗体结合的部位也就越少，而当刺突蛋白的突变累积到一定程度时，就有可能产生“无法被中和”的新冠病毒变异株。此前的假病毒体外模拟研究显示，当新冠病毒刺突蛋白累积到至少20处突变时，恢复期血浆和疫苗接种后血浆都将完全无法中和携带此种刺突蛋白的假病毒。而目前测序所获得的omicron株中则存在32-34处刺突蛋白突变，且其中相当一部分突变对刺突蛋白结构和功能的影响尚未明确，因此，尽管omicron株的免疫逃避效应仍然是未知数，但其“上限”很可能超乎我们的想象。
omicron株突变的分散性、复杂性，以及目前为止所展现出的传播能力，均引起全世界的广泛关注。很多人担心，omicron株可能会突破我们当前靠疫苗建立的“免疫屏障”，对防疫工作产生严重的负面影响，而在新冠病毒抗病毒药物研发如火如荼的今天，更有人对抗病毒药物对omicron株的有效性表示怀疑。不过从当前的情况来看，omicron株并非“无法攻克”，它在新冠病毒大流行中