断。在小智和小豪、小春道别后，皮卡丘跟着小智一起踏上新的旅程。之后在启程之风！无尽的道路!!至小智与拉帝欧斯！
小智和皮卡丘在旅途中又经历了不少事情：在森林中救下受伤的拉帝亚斯；和天桐一起将小刚从布莉姆温施放的幻象中解救出来并化解了误会；和杰尼龟消防队一起扑灭了仓库街的大火，救出被困的宝可梦；和拉普拉斯等宝可梦一起救出被困的吼吼鲸；帮助诅咒娃娃找回它曾经的训练家；帮助拉帝亚斯救出拉帝欧斯，打败宝可梦猎人。在彩虹和宝可梦大师！中，皮卡丘和小智一起回到真新镇的家中。第二天，皮卡丘一度被火箭队三人组抓到，幸好被大比鸟救下，之后使出十万伏特将火箭队打飞。
在小智思考着小茂的问题时，天降暴雨，皮卡丘和小智一起躲雨。雨过天晴，皮卡丘跟着小智一起踏上无尽的旅途。至此，以小智和皮卡丘为主角的冒险故事正式告一段落，但他们的冒险仍会继续下去。
在决战东乔治对战！小智对艾莉丝!!中，小智在东·乔治对战的决赛中与艾莉丝的龙头地鼠对战，皮卡丘先使用属性不利的十万伏特提高气势，然后与龙头地鼠进行激烈的对战。尽管属性不利，皮卡丘仍能使用巧妙的战术重创龙头地鼠，但最终仍败于龙头地鼠的真气弹，小智因此屈居亚军。
在雷文道馆！华丽的电击对战!!中，小智打算只用一只蓝蟾蜍打败小菊儿的所有宝可梦，让皮卡丘非常不满。在蓝蟾蜍和藤藤蛇被打败后，它大发脾气，最终小智迫不得已使用它作为最后一只宝可梦，并打败了小菊儿的电飞鼠及麻麻小鱼。在吹寄道馆vs风露！空中决战!!中，小智在吹寄道馆派出皮卡丘与风露对战，它先引诱高傲雉鸡到最近距离，然后近距离使用铁尾，再使用电球把高傲雉鸡击败。
然后它与舞天鹅对战，虽然它使出强力的十万伏特，但没想到舞天鹅竟使用水流环保护自己，使电属性招式没有作用，皮卡丘也尝试使用铁尾但够不着。然后它与小智配合，利用吊环跳上空中并使用电光一闪，但最终仅仅攻击到舞天鹅，随后舞天鹅使用各种招式把皮卡丘击落并重创在地，虽然皮卡丘勉强地站了起来，但不久就不支倒下，小智随即扶起它并赞扬它战斗得很好，裁判也判皮卡丘失去战斗能力。
此外，皮卡丘在挫败火箭队的“暴风雨计划”中也表现活跃。它先吸收了雷电云的打雷，使艾莉丝免遭受攻击。然后它使用巨大化的电球打败火箭队及摧毁神殿，成功救出美洛耶塔。皮卡丘使用异常巨大的电球之后在桧垣大会上，小智在预选赛面对劲敌修