洛托姆！消失的纯晶之谜
中，它跟随洛托姆图鉴寻找小智的电z的下落，被洛托姆图鉴视为助手，被称为皮卡丘老弟。皮卡丘似乎很怀疑洛托姆图鉴的假发（或是觉得洛托姆图鉴的假发很好玩），最终它从假发中找到了电z。在猛烈的电击特训！再次挑战卡璞?鸣鸣!!中，皮卡丘与小智一起来到马玛内的家中进行特训。
在特训中，小智和皮卡丘释放了z力量，跑出了非常快的速度，把马玛内的转轮弄坏了，同时也吸引了暗中观察他们的卡璞?鸣鸣。之后卡璞?鸣鸣用电气叫出了皮卡丘并与它对战。在经历一番苦战后，小智与皮卡丘再次使出了终极伏特狂雷闪。之后皮卡丘险些摔下悬崖，但被卡璞?鸣鸣救下，对战也因此中止。在小智与皮卡丘，二人的约定中，皮卡丘与小智来到宝物岛探险，两人分享了食物，并躺在沙滩上回忆起了往事。
当胆小虫偷走小智的食物时，皮卡丘夺回了食物。黄昏时，他们听到了奇怪的叫声，原来是一只胆小虫被困在了岩缝里。当小智想不到办法进去时，皮卡丘找来了阿罗拉的椰蛋树，用它的长脖子进入了岩缝。皮卡丘使用铁尾打碎了岩石，救出了胆小的胆小虫。
在莉莉艾，要好好疼爱皮卡丘哦中，皮卡丘被暂时交换给了莉莉艾。当皮卡丘发现莉莉艾因不敢接触自己而不敢上车时，它主动挪开了一段距离。
后来在莉莉艾的要求下，皮卡丘和詹姆斯的花舞鸟进行了对战。在取得胜利后，皮卡丘和克服了心理障碍的莉莉艾激动地抱在一起。而当互换结束后，皮卡丘在莉莉艾指挥下同小智和白滚滚进行一场对战。在小智与小星云！奇妙的邂逅!!中，皮卡丘在小智的梦中见到了索尔迦雷欧和露奈雅拉以及小星云。但是因为洛托姆图鉴没能叫醒他们，皮卡丘和小智一起被火斑喵用尾巴扇脸打醒，它甚至还摔下楼梯撞到了额头。
之后，皮卡丘在和小智一起去学校的路上察觉到卡璞?鸣鸣的动向，追着它到了森林里，在草丛中找到了小星云。之后，皮卡丘也帮小智他们照顾小星云。经历一系列事件后，因为露莎米奈被ub01：寄生物带入究极之洞，小智和同学们一起去拯救她，在闪耀吧，z强力手环！
超全力一击的千万伏特!!中，被进化成索尔迦雷欧的小星云带到究极深海的众人相继停下脚步应对露莎米奈的宝可梦们，只剩下皮卡丘和小智面对被虚吾伊德附体的露莎米奈，小智一开始试图让皮卡丘攻击虚吾伊德然后趁机将露莎米奈拉出来，但是没有奏效，之后莉莉艾及时赶到，唤醒了母亲的理智，但随即虚吾伊德吞