球成功地将谜拟丘收入囊中，至此，武藏才算是如愿以偿地收服了这只令人畏惧的宝可梦。
与此同时，在遥远的地方还有一个令人震惊的事件正在悄然发生。秋叶原博士精心创造出来的一种新型宝可梦，被可恶的火箭队给盯上了。他们趁人不备，偷偷摸摸地将这只珍贵的宝可梦盗走，并借助它顺利地进入到了一个神秘莫测的电脑世界之中。进入电脑世界后的火箭队并没有就此罢休，反而愈发贪婪起来，他们妄图利用这个机会大肆偷窃宝可梦传送装置系统中的各种珍稀宝可梦。
在这个虚拟的电脑世界里，一切规则仿佛都被颠覆了。那只被盗走的宝可梦，也就是所谓的零号机，展现出了超乎想象的能力——它居然可以随心所欲地改变自身的形状！当火箭队乘坐着变形后的零号机四处游荡作案之时，不巧与小智一行人驾驶的初号机撞了个正着。一场惊心动魄的激战随即爆发开来，双方你来我往，互不相让。但最终，火箭队还是不敌小智等人，他们所依赖的零号机也在这场激烈对抗中败下阵来。
在火箭队逃离乔伊的杀毒程序的追捕时，零号机被杀毒程序的大炮击中，和火箭队一起掉进了程序的漏洞中，但被小智一行人以及初号机救出了电脑世界。最后初号机和零号机一起回到了秋叶原博士身边。
武藏假借娃娃节的关系，故意买了很多吃的东西，结果全被一只野生的大舌头给吞了，在武藏愤怒之下，把它给收服起来。它的舌头能像变色龙一样伸长，对手被它舔到会有刺痛和麻痹的感觉（但对小霞的可达鸭不好使）。后来在与阿德的果然翁交换，因此失去了它。
在度假的海边，火箭队在坂木的别墅打工。在寻找食物的时候从沙滩里面挖出来的大舌贝。被小次郎的双弹瓦斯打败，但由武藏抢到收服的。但在最后意外咬住西野森教授的呆呆兽而一起进化成呆壳兽，从此便离开了武藏。
被鲤鱼王大叔伪装成丑丑鱼卖给武藏。
前旅伴小智动画主角，目标是成为宝可梦大师，在橘子群岛一起旅行小霞目标是成为水属性宝可梦大师，在橘子群岛一起旅行角色经历播报编辑小建首次登场于拯救拉普拉斯，在小智即将同其他三位训练家进行对战之时撞见了小智。他被小智的皮卡丘所吸引并决定进行速写。
在之后，小建在帮助小智和小霞救助受伤的拉普拉斯时加深了对二人的了解。在得知小智与小霞二人认识自己的偶像大木博士后，小建决定加入小智的队伍。
在那如梦如幻的粉红宝可梦之岛上，阳光洒落在繁茂的植被和五彩斑斓的花朵间，营