元年（1644年），获追赠太师，谥号“文忠”；
几天以后，孙承宗进京，来到了乾清宫，朱由检得悉后，随即召见了他。
对于这位大名鼎鼎的明末忠臣，朱由检从内心里敬佩不已，抵抗异族以身殉国，明知必死仍奋战到底，这才是民族气节，也是支撑起这个民族的脊梁。
孙承宗欲行大礼参见，朱由检忙起身拦阻，但孙承宗还是坚持着拜了一次，然后才在王承恩搬来的锦凳上坐下。
朱由检微笑着道：“本来想等孙先生歇息一夜再召见，但朕是个急性子，还请孙先生见谅，这一路辛苦了！”
“圣上召见老臣，必为国事，何来辛苦一说！臣年齿虽长，但身子骨还硬朗，还能再为朝廷效力几年！”
孙承宗声若洪钟，底气十足，年轻时踏遍大明边关，练就了一副好身板，虽已经六十五岁，但丝毫没有老态龙钟的样子。
“看到孙先生强健如昔，朕很是高兴！此次召见先生，乃是有重任欲托付与你！”朱由检温言道。
孙承宗站起身形，拱手道：“圣上但有所托，尽管吩咐便可，老臣自问尚有些许能力，尤以对九边之事甚为熟知，不知陛下要将老臣遣往何处？！
朱由检忙道：“孙先生请坐。朕正是深知先生熟知边事，所以欲将蓟辽督师之职交于先生，不知先生意下如何？”
孙承宗闻言一愣，开口道：“宣大一线朝廷有重兵驻守，杨国柱、虎大威皆是久驻边关的大将，不用担心。
魔族这些年实力强劲，前段时间更是打到京城外，看来应该是山海关宁锦一线出了问题。难道陛下是让臣去压制这些骄兵悍将不成？”
朱由检赞许的点头道：“孙先生所言甚是！此次后金魔族入关直达京城之下，一路走了竟然没有半点风声，锦州一带岂无问题?值此关头不能轻动耳！”
孙承宗道：“圣上明见，魔族实乃我朝之心腹大患，锦州宁州一线为我大明屏障，若不是绝对信任之人，早晚必受其反噬！”
朱由检微笑道：“朕自是知道蓟辽的重要性，因此才把蓟辽托付与先生，不知先生可愿之?
现今宣大等地尚能勉强维持，当务之急是压制中原各地渐生的乱象，攘外必先安内，只有先把腹心之患解除，才能腾出手来全力解决边患！”
孙承宗拱手道：“圣上所言臣不敢苟同，臣认为魔族才是朝廷的心腹大患！
至于流民，大部分不过是没有灵器的散修而已，只需一重臣剿抚并用，流民不足为患，此间道理还请圣上明鉴！”
朱由检心道