义细胞的亚型,追踪它们的发育谱系,确定克隆型和表现型之间的关系,绘制不同细胞之间的相互作用和空间关系图,从而从多个维度描述tme。此外,还需要通过一系列体内和体外实验来验证结果。我们总结了使用scrna-seq研究的最新出版物
b细胞受体(bcellreceptor,bcr)是一种能识别并结合特异性抗原的膜免疫球蛋白,在b细胞的分化成熟过程中起着重要作用。bcr由两条重链和两条轻链组成,其中可变(v)、多样性(d)和连接(j)基因序列的重组创造了b细胞的多样性。这种多基因的复杂性使得鉴别不同的受体变得困难。然而,由于每个b细胞通常表达一个单一的受体,潜在的抗原特异性受体可以通过给定的原细胞链发现。bcr的两个主要功能如下。首先,它通过诱导b细胞激活过程中肌动蛋白骨架的实质改变和各种基因的表达来激活b细胞。其次,它介导抗原的鉴定和提取,从而导致加工过的肽在主要组织相容性复合体ii(mhcii)上呈现给t辅助细胞。因此,bcr测序有助于进一步了解b细胞分化的轨迹及其特异性识别抗原性的机制,特别是当与单个b细胞的完整转录组身份配对时,这为了解癌症的发展提供了线索。更重要的是,bcr测序可以追踪来自单细胞的群体,揭示克隆型和表型之间的关系。scrna-seq技术在bcr测序中具有天然优势,因为含有umi的微流控系统可以保证同源vh-vl配对的保存,而这些同源vh-vl配对在b细胞批量测序中可能会丢失。basic是一个在单细胞分辨率上进行bcr测序的平台。作为重建配对全长bcr序列的工具,bracer为b细胞的克隆推断和谱系追踪提供了一个完整的管道。libra-seq是一种高通量的方法,将bcrse-序列与其同源抗原特异性连接起来,可以用来绘制特定对象中数千个b细胞的抗原特异性。
研究免疫球蛋白以探讨体液免疫的复杂性
免疫球蛋白存在于肿瘤和血清中,在肿瘤中起双重作用。抗体通过其片段可结晶(fc)支配功能,并受翻译后修饰调控。通常,免疫球蛋白是由骨髓和脾脏的浆细胞(pcs)分泌的。组织炎症区域和肿瘤内部的pc,特别是在三级淋巴结构(tls)中,分泌肿瘤相关抗体并直接在肿瘤上诱导原位效应。在抗肿瘤功能方面,igg是最重要的一类人免疫球蛋白,因为它能够结合巨噬细胞和自然杀伤细胞上的fcγ受体,并促进、adcp和cdc的作用。此外,igg对抗原处理和呈递