朱载坖在收到徐渭奏疏之后，立即召见了内阁辅臣，练兵军务处的参赞军务大臣、户部、兵部、礼部、理藩院的堂官，朱载坖将徐渭的奏疏给诸位重臣们看过之后，就要商量应该怎么处理此事了。
如果织田信长死了，对于倭国的政局来说将会是一次天翻地覆的改变，大明朝廷必须要做好准备，张居正的看法很简单，必须将倭国王室给控制住，一旦倭国王室被一些有心人给控制了的，对于朝廷来说，就将会十分的被动，对于朝廷来说，应该想办法将倭国王室给控制住，以免落入他人之手。
这个看法朱载坖认为确实是很有道理的，万一倭国有曹操这样的人物，控制倭国国王，然后和大明作对，那就麻烦了，所以必须要将倭国王室予以控制住。
但是问题是现在官军在倭国的位置是越后、甲斐两国，距离倭国王室所在的京都还是有一些距离的，朝廷不可能无缘无故的就向倭国京都派兵的，这是会引起倭国内部对于大明的反感的，这点也是不得不考虑的，毕竟在名义上倭国还是大明的属国，要是大明无端出兵，控制去王室，恐怕不太好说的过去。
戚继光认为，应当集结在倭国的精骑，屯兵于离倭国京都最近的地方，一旦倭国有变，立即发兵京都，以备不测，具体的情况，由安东都护府自己随机掌握，朱载坖也同意了这个方案，要求安东都护府集结精骑，准备应对倭国可能出现的内乱，同时寻机夺取石见银山。
朱载坖在处理倭国的事情之后，开始思考内廷的事情了，自从黄锦以司礼监掌印兼提督东厂以来，司礼监的权力极大，远远超过了御马监，所以在黄锦去位之后，朱载坖没有任命冯保为司礼监掌印，而是令他以司礼监秉笔的身份提督东厂，司礼监掌印空缺，内廷的太监们为此事明争暗斗，但是朱载坖一直没有反应，但是现在朱载坖准备整顿内廷了，因为冯保执掌东厂时间已经不短了。
朱载坖于是命令，将原司礼监秉笔，南京内守备太监刘忠调回京师，担任提督东厂，冯保升任司礼监掌印，成为名副其实的内相，内官少监陈矩，调任御马监太监，御用监太监腾祥升任司礼监秉笔，尚膳监太监孟冲调御用监太监，对于朱载坖突如其来的调整内廷，很多官员有些看不懂。
但是熟知内情的人确实看出了一点端倪，朱载坖这次任命冯保卫司礼监掌印，看似是将冯保予以提拔了，但是实际上冯保虽然成为了内相，但是丧失了提督东厂的大权，东厂由朱载坖在裕王府的贴身太监刘忠管理，这其中的奥妙就很微妙了。
很多人认为是锦衣亲军